JCFとして、トランスジェンダーに関する独自の規程は現段階ではありませんが、UCI(国際自転車競技連合)では、第13部第5章において規定されています。
JCF規則はその第1条において、「UCI規則のうち、この競技規則に明文の規定のないものは、UCI規則を準用する」としておりますので、基本的にはUCI規則が適用されます。UCI規則は主として国際レベルの競技大会への参加を想定したものですが、念の為周知させて頂きます。
-UCI規則におけるトランスジェンダーのアスリートに関する参加資格規則-
詳細は下記URLから第13部第5章ご確認ください。
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この件は、種目別競技規則ページのJCF競技規則欄にある「補足:競技規則の解釈について」にも掲載しています。
https://jcf.or.jp/track/rule/